О меркитах Рашид-ад-Дин писал, что "это племя имело многочисленное, чрезвычайно воинственное и сильное войско. Меркиты — это часть монгольского племени. Они сражались и воевали с Чингис-ханом и Ван-ханом".

Интересно, что взаимоотношения племен нирун и меркитов связаны с женщинами. Однажды Есугей-Баатур, охотясь на Ононе, встретил меркитского Еке-Чимду, сопровождавшего девицу, взятую из племени олконоут. Увидев в возке девушку необычайной красоты, он отправился домой и, собрав братьев, отбил эту девушку. Это была Хоелун-уджин. Она родила Есугею четырех сыновей и одну дочь. Через несколько лет, уже после смерти Есугея, меркиты решили отомстить его племени. Приехали три меркита: Удуит-меркитский — Токтоа, Увас-меркитский — Даир-Усун и Каат-меркитский — Каатай-Дармала и увезли Хоелун. Сыновья об этом сообщили Ван-хану Кереитскому и другим и объединенными силами отбили мать и свое племя.

При этом случае Чингис-хан укрылся в горах Бурхан-Халдун. В честь своего спасения он произнес такие слова: "На Бурхан-Халдуне я боролся за свою жизнь, подобную вше! Спасая единственную свою душу, на единственном коне пробираясь по лосиным тропам, обитая в латаном доме, взобрался я на Халдун. На Халдун-Бурхане я защищал свою душу, подобную ласточке. Очень я был напуган! Теперь Бурхан-Халдуну каждое утро я буду молиться, каждый день я буду приносить жертвы. Пусть об этом знают потомки моих потомков!" Так он восклицал, повернувшись к солнцу, повесив пояс на шею, шапку надев на руку, обнажив руками грудь, девять раз поклонился в сторону солнца и совершил жертвоприношение с окроплением". В другой раз меркиды захватили жену Чингис-хана Борте-фуджин, отдали ее Ван-хану. "Ван-хан сохранил ее за завесой целомудрия и в сопровождении отправил домой. В пути у нее родился Джочи-хан". Этот случай тоже имел последствия, так как братья считали, что Джочи происходит из меркидов.

В год Мыши (1204) осенью Чингис-хан одержал окончательную победу над меркидским Токтоа-беки, захватив подданных и имущество. Токтоа-беки с двумя сыновьями удалось бежать. При этом "Хоас-меркидский Даир-Усун вез к Чингис-хану свою дочь Кулан-хатун, но был задержан в пути Бааридай Ная-нойоном. Даир-Усун сказал: "Я ехал, чтобы показать свою дочь Чингис-хагану!" На что Ная-нойон ответил: "Давай-ка вместе покажем твою дочь хану. Если ты поедешь сейчас один, когда войска в беспорядке, они и тебя не пропустят и дочь — подношенье твое — обесчестят", — и три дня и три ночи продержал их у себя. Затем оттуда Ная-нойон доставил Даир-Усуна с Кулан-хатун к Чингис-хагану. Тогда Чингис- хаган с гневом обратился к Ная: "Ты почему их задержал? Сейчас же тщательно обследуйте ее тело и выносите приговор!" В это время Кулан-хатун вмешалась и сказала: "Ная говорил: "Я великий нойон Чингис-хагана! Давайте вместе доставим твою дочь хагану! Не то в пути без меня могут воины ее обесчестить!" и убедил нас. Если бы мы не встретили Ная, нас могли бы обесчестить. Ай, хорошо, что мы встретили Ная. Прежде чем допрашивать Ная, если хаган соизволит, нельзя ли спросить у тела, рожденного отцом и матерью?" Чингис-хаган одобрил слова Кулан-хатун и в тот же день осторожно испытал ее. Когда обнаружилось, что все обстоит так, как говорила Кулан - хатун, Чингис-хаган милостиво ее ласкал. Поняв, что Ная не виновен, он произнес: "А слова-то его оказались правдивыми".
С ушедшим Токтоа-беки соединился найманский Кучулук - хан. С ним произошло сражение у истока Иртыша, Токтоа-беки был убит, но его сыновья и найманы ушли еще дальше, через земли уйгуров и карлуков направились в земли сартаулов. "Меркиды ушли через земли канглов и кибчаков на запад". Оказалось, что в это время, ранее покорившиеся меркиды подняли восстание. Чингис-хан решил окончательно уничтожить непокорное племя. Против ушедших меркидов хан решил направить самых выдающихся своих полководцев. Чингис-хан позвал Субетая и вручил ему "крытую железом телегу и отправил в погоню за сыновьями Токтоа-беки. При этом он пропел Субетаю песню: "Сыновья Токтоа—Куду, Кал и Чилаун — ушли, грозя и выстреливая назад, будто кулан с укрюком или бык со стрелой. Если они обретут крылья и полетят по Небу, разве ты, Субетай, не станешь кречетом и не поймаешь их? Если они, превратившись в тарабаганов, зароются в землю разве ты не превратишься в лом и не уничтожишь их? Если они, превратившись в рыб, уйдут в глубины океан-моря, разве ты, Субетай, не превратишься в невод и не изловишь их?" Еще он наставлял: "Если покровительством Вечного Неба, дарующего мощь и отвагу, будут пойманы сыновья Токтоа, то зачем их везти к нам? Там же сами совершите суд!".

Когда Даир-Усун меркидский был убит, его жену взял себе Угедей-хан, от нее родились четыре старших сына, самым старшим из которых был Гуюк-хан.

Субетай-Баатур, посланный в погоню за сыновьями Токтоа-беки, догнал их на реке Чуй и уничтожил согласно приказу.